Maputo nằm ở bờ tây vịnh Maputo, gần Estuário do Espírito Santo nơi các con sông Tembe, Umbeluzi, Matola và Infulene đổ ra biển. Vịnh Maputo dài 95 kilômét (59 dặm) và rộng 30 kilômét (19 dặm). Ở cực đông thành phố và vịnh là đảo Inhaca. Tổng diện tích khu vực thành phố Maputo là 346 kilômét vuông (134 dặm vuông Anh) và giáp với thành phố Matola về phía đông và đông bắc, với huyện Marracuene về phía bắc; Boane về phía đông và Matutuíne về phía nam, tất cả các huyện đều thuộc tỉnh Maputo. Thành phố cách biên giới Nam Phi tại Ressano Garcia 120 km (75 dặm) và cách biên giới với Eswatini 80 km (50 dặm) về phía nam.